اعلام جامعة بابل | اطروحة دكتوراه في طب بابل عن بكتريا السالمونيلا المعوية

اطروحة دكتوراه في طب بابل عن بكتريا السالمونيلا المعوية

نشر بواسطة : زينب كاظم امين عوض

تاريخ الخبر : 23/7/2023 23:18:09 AM

عدد المشاهدات : 282

اطروحة دكتوراه في طب بابل عن بكتريا السالمونيلا المعوية

ناقشت كلية الطب فرع الاحياء المجهرية أطروحة طالب الدكتوراه عبد العزيز ثامر عبد العزيز، حضرها عميد الكلية الاستاذ الدكتور مهند عباس الشلاه ورئيس الفرع الاستاذ الدكتورة هيام خالص المسعودي وعدد من تدريسيي الفرع وطلبة الدراسات العليا، وقد كان عنوان الاطروحة (التغاير الوراثي وتسلسل الجينوم الكامل لسلالات السالمونيلا المعوية المعزولة في محافظة بابل) بإشراف الاستاذ الدكتورة لميس عبد الرزاق عبد اللطيف.
بين الباحث خلال دفاعه عن اطروحته ان بكتريا السالمونيلا هي أحد اهم مسببات الامراض المنقولة بالأغذية التي تصيب الانسان والحيوان ولها تأثيرات صحية واقتصادية خطيرة ودواعي قلق متزايدة لظهور وانتشار مقاومة المضادات الحيوية وبالتالي تهدف هذه الدراسة الى دراسة التغاير الوراثي وتسلسل الجينوم الكامل لهذه البكتريا هو امر في غاية الأهمية لتقليل ثائراتها الصحية والاقتصادية ومعرفة مدى مقاومتها للمضادات الحياتية.
شملت الدراسة الكشف عن التنوع الجيني بين العزلات البكتيرية الذي تم من خلال استخدام CRISPR-PCR وتم تقييمها لاحتمال وجودها في 81 من عزلات السالمونيلا المعوية. تم إخضاع 18 من عزلات الأنماط المصلية للسالمونيلا المعوية المعزولة من عينات سريرية مختلفة (البراز و الدم) للكشف عن كريسبر 1 و 2 وقد أظهرت النتائج ان العزلات ال 18 (100?) و 13 (72?) كان PCR – موجب لكرسبر 1 و2 على التوالي. التكرار المباشر (DR) لعزلات كرسبر1 و كرسبر2 اظهرت طولا متطابقا 29 bp. أشار تعدد الأشكال ل DR لكرسبر 1 من خلال بناء شجرة النشوء والتطور إلى أن جميع الأنماط ال 18 يمكن تقسيمها إلى ستة خطوط (A-F) ، بينما من بين 13 نمطا متنوعا من كرسبر 2 يمكن تصنيفها إلى أربعة خطوط (A-D).
كما تم إجراء قيمة التشابه الجيني للنمط المصلي للسالمونيلا المعوية وفقا لتسلسل التكرار لكرسبر 1 وكرسبر 2، وأظهرت النتائج أنه في كرسبر 1 هناك أقصى تشابه بين النمط المصلي بين SE11 وSTM3 بنسبة (100?) والحد الأدنى من التشابه بينSTM4 وSTY29 بنسبة (40?)، بينما في كرسبر2 ، أقصى تشابه بين النمط المصلي SE11 و SE29 بنسبة (100?) والحد الأدنى من التشابه بين النمط المصلي SE7 و STM4 بنسبة (19?).
من ناحية أخرى، اختلف اختبار كريسبر الموجود في السالمونيلا المعوية في الطول وتمت دراسة spacer أيضا وأظهرت النتيجة أن عدد spacer لكرسبر 1 كان بين 5-13 spacer وكرسبر 2 كان بين 1-12 spacer. ومع ذلك تم إجراء مقارنة محاذاة تسلسل لكرسبر 1 وكرسبر 2 spacer في السالمونيلا المعوية. تظهر شجرة النشوء والتطور التي تم إنشاؤها من محاذاة تسلسل كرسبر 1 spacer أن كل نمط مصلي تم تقسيمه إلى مجموعة. على عكس كرسبر 1، لم تتمكن شجرة النشوء والتطور التي تم إنشاؤها من محاذاة تسلسل كرسبر 2 spacer من التمييز بين الانماط المصلية للسالمونيلا المعوية . كما تمت دراسة قيمة التشابه الوراثي للسالمونيلا المعوية (السالمونلا تايفي والسالمونيلا تايفيموريم) وفقا لتسلسل spacer ل كرسبر 1 و كرسبر 2 ، وأظهرت النتيجة أنه في كرسبر 1 هناك أقصى تشابه بين STM26 و STM2 بنسبة (100?) والحد الأدنى من التشابه بين SE6 و STY29 بنسبة (11%) ، بينما في كرسبر 2 أقصى تشابه بين الأنماط المصلية STM4 و SE7 ، STM4 وSE8 ، STY29 وSE11 بنسبة (100?) والحد الأدنى من التشابه بين الأنماط المصلية STM26 وSE6 بنسبة (10?).
على المستوى الجينومي ، حاولت هذه الدراسة التمييز بين السلالات ذات الصلة ، السالمونيلا المعوية subsp. enterica serovar Typhimurium (STY9) والسالمونيلا المعوية subsp. enterica serovar Typhi (SalT33) ، باستخدام تسلسل الجينوم الكامل.
لاحظت نتائج هذه الدراسة أن كروموسومات (STY9) و SalT33 هي اختلافات طفيفة جدا، حيث كان الحجم الجيني لSTY9 4687295 bp) ، 52.2? GC ) أكبر من جينوم SalT33 4679911 bp) ، 52.12% GC). بعد تحليل الجينوم المقارن، أظهرت جميع الجينومات المدروسة ل STY9 و SalT33 أنماطا مختلفة من الأحداث التطورية (إعادة ترتيب الجينوم والكسب أو الخسارة المجزأة) مع بعضها البعض أو مع الجينوم المرجعي. بالإضافة إلى ذلك تمت دراسة تشابه تسلسل الانماط المصلية للسالمونيلا المعوية بالمقارنة مع الجينوم المرجعي.
بقلم: عباس مجيد